Jan8
NucleicAcidsResearch
IF：11.
ABSTRACT
早期发现癌症是对抗和控制全球癌症发病率和死亡率不断增加的关键。利用循环DNA(CtDNA)、循环RNA(CtRNA)、循环肿瘤细胞(CTCS)和细胞外囊泡(EVS)进行血液筛查，在癌症早期诊断中具有广阔的应用前景。最近对癌症患者血液样本进行高通量基因表达谱分析，为开发新的癌症早期检测生物标志物提供了宝贵的资源。然而，对于这些基于血液的高通量基因表达数据，还没有一个完备的在线数据库。在这里，我们介绍BBCancer提供六种RNA的表达情况，包括messengerRNAs(mRNAs),longnoncodingRNAs(lncRNAs),microRNAs(miRNAs),circularRNAs(circRNAs),tRNA-derivedfragments(tRFRNAs)andPiwiinteractingRNAs(piRNAs)，包括血浆、CTCs和EVS。目前，BBCancer含有来自个正常和肿瘤血液样本中15种癌症类型的6种RNA类型的表达数据。我们相信这个数据库将成为开发血液生物标记物的强大平台
MATERIALSANDMETHODS
RESULTSDatabasecontent
在当前版本中，BBCancer包含来自个样本中RNA分子的表达数据，包括个血样，如细胞外囊泡(EV)和循环肿瘤细胞(CTC)，以及乳腺癌、边缘性卵巢癌、宫颈癌、结直肠癌、食管癌、胃癌、肝癌、肺癌、胰腺癌和前列腺癌（表1）。BBCancer中包括6型RNA（mRNAs,lncRNAs,circRNAs,miRNAs,piRNAsandtRFRNAs）（表2）。据我们所知，BBCancer代表了癌症生物标志物研究的最大的血液样本资源。
Webinterfaceandusage
BBCancer提供了一个用户友好的Web界面，其中包含四个模块：Explore,Browse,StatisticsandDownload。
SystematicalscreeningofpotentialbloodbiomarkersusingBBCancer
接下来，我们系统地评估了BBCancer在发现早期检测癌症的潜在血液生物标记物方面的效用。为此，我们首先探讨肿瘤与正常血液样本表达差异，结果包括mRNAs,lncRNAs,circRNAs,miRNAs,piRNAsandtRFRNAs（图3A）。许多RNA在五种以上的癌症中表达有差异，提示这些RNA的功能重要性（图3B）。我们根据对篇相关论文的全面调查，确定了种涵盖13种癌症类型的潜在血液生物标记物。我们研究了这种潜在生物标记物在BBCancer不同类型癌症中的表达模式。在个生物标记物中，有个在BBCancer中有表达数据。我们发现，种生物标记物中有种（82mRNA，62mRNA）比正常血液样本表达更高（图3C）。例如，MDK最近被报道说是诊断的一种很有前途的肝癌的血液生物标记物。在BBCancer中，我们发现肝癌患者血液样本中MDK表达高（图3D）。此外，与正常组织相比，MDK表达也明显高（图3D）。这些结果表明，MDK是早期检测肝癌的理想生物标志物。通过比较血样中六种不同RNA类型的表达丰度，发现结直肠癌五种RNA类型中tRFRNA的表达丰度最高，提示tRFRNA作为结直肠癌血液生物标志物的广阔前景（图3E）。对于每种癌症类型的前景良好的血液生物标志物，我们进一步使用表达丰度筛选了不同表达的RNA。显示了每种癌症中表达量最高的RNA类型的前5个差异表达RNA（图4）。
例如，ABCC3在非小细胞肺癌患者中的表达可能与耐药性相关。据报道，乳腺癌中外泌体mir-的高表达水平与乳腺癌进展有关。此外，对膀胱癌的研究表明，和mir-26a-5p的高表达与患者生存率呈负相关。这些结果表明，这些循环的RNA可能是相关癌症的潜在血液生物标志物。总的来说，BB癌症数据库包含了许多临床相关的潜在循环RNA，可以帮助研究人员筛选血液分子标记。
CONCLUSIONSBBCancer是一种全面的开放资源，用于提供来自不同类型癌症患者的血浆、CTCs和EVs的RNA分子的表达景观。
与其他现有的循环RNA资源(exoRbaseandEVpedia)相比，BBCancer是第一个集中于癌症患者血液中RNA分子表达图谱的数据库。简单地说，BBCancer有以下优点：(1)BBCancer含有多种类型的RNA。目前共有6种RNA(mRNA、INcRNA、miRNA、CriRNA、tRFRNA和pRNA)。(2)BBCancer拥有最多的血液样本，在15种癌症类型中有5,个正常和肿瘤血液样本。(3)BBCancer使用户能够通过Meta分析，快速和交互地探索不同研究中RNA的表达丰度或差异表达，从而促进在感兴趣的癌症中发现RNA生物标记物。
总之，我们认为BBCancer将这个研究领域有显著的好处，并促进在开发早期检测癌症的血液生物标记物的进展。
BBCancer:anexpressionatlasofblood-basedbiomarkersintheearlydiagnosisofcancers
doi:10./nar/gkzPMCID:PMCPMID:预览时标签不可点收录于话题#个上一篇下一篇